Первым губернским военным комиссаром был назначен товарищ А.К.Евлампиев.
После ряда территориальных преобразований в 1922 году губернский военкомат переехал из Стерлитамака в Уфу. В то же время в городе формируется уездный военкомат с новым штатом. Всего в период с 1917 года организационно-штатная структура менялась девять раз.
Сейчас военный комиссариат возглавляет подполковник запаса Р.Г. Кантимиров.